Hi,
mit Magnetsteckern kann ich leider nicht weiter helfen. Aber ich würde an deiner Stelle mal bei Aliexpress schauen, gib mal "waterproof plug" in die Suche ein. Superseal und alles mit den roten und blauen Überwurfmuttern dürfte zu groß sein, ich hab da aber schon wasserdichte Stecker bestellt, wo die Sicherungsmutter etwa 10-12mm Durchmesser hat. Gibt es von 2 bis 8polig. Klar, da hast du dann immer noch ein Kabel, aber für Kabel gibt es ganz gute wasserdichte Kabeldurchführungen für Gehäuse. Und das sieht dann auch recht professionell aus. Die herausragenden Kabel kannst du ja sehr kurz ausführen, 3-4cm dürfte locker reichen. So ähnlich ist das beim Bumm-E-Werk ja auch.

Wasserdichte USB-Buchsen gibt es so auch, aber mit recht üppigem Einbaumaß.

Ansonsten würde ich USB-Buchse eher sein lassen. Aus mehreren Gründen. Zum einen sind die nicht wirklich witterungsfest, über kurz oder lang wirst du Korrossion an der Buchse haben. Außerdem ist der USB-Standard eigentlich nicht für mechanische Belastungen konstruiert worden, sowohl die Kabel, als auch die Buchse selbst könnten irgendwann ausbaddeln und so Kontaktprobleme entstehen. Außerdem ist die Frage, wie du die Buchse nach innen hin abdichten willst?

Die 12V über die USB-Buchse laufen zu lassen, sollte aus elektronischer Sicht kein Problem sein. Der Strom ist darüber ja eher geringer. Ich würde aus Gründen der Fehlertoleranz trotzdem dringend davon absehen! Immer damit rechnen, dass jede mechanisch mögliche Steckkombi irgendwann ausprobiert werden wird. Und in eine Microbuchse hast du ganz schnell dein Smartphone gesteckt und das bei 12V eventuell schnell geschrottet.
Bei der Sicherheitskontrolle beim Fliegen soll man elektrische Geräte in der Regel vorführen. Kommt dann komisch, wenn du sagst, an die USB-Buchse kann ich das Handy nicht anschließen, weil da 12V drauf sind...
Selbst wenn du dich für die wasserdichten Ali-Stecker entscheidest, würde ich z.B. für 5V und 12V und ggf die Dynamo-Zuleitung jeweils eine andere Polanzahl nehmen, um da ein Missverstöpseln auszuschließen.