Ich hab da so eine Vermutung, worin der "Fehler" deines Dakota liegen könnte: Wahrscheinlich analysiert es nicht den ganzen Track und bestimmt die Maxima und Minima des Höhenverlaufes und addiert dann diese "globalen" Höhenunterschiede, sondern es -um es mathematisch auszudrücken- "integriert die erste Ableitung der Höhe" um die Höhenmeter zu ermitteln. Praktisch wird also immer die Änderung der Höhe (die man vorher natürlich noch irgendwie glätten muss) zum vorhergehenden Schritt aufsummiert. Dies hat zwar den Vorteil, dass man nicht speichern muss, wie der bisherige Streckenverlauf war, ist aber extrem unpraktisch, da jeder Summand fehlerbehaftet ist, sowohl aus messtechnischer, als auch aus numerischer Sicht. Ich sollte mal vergleichen, wie sich die Höhenmessunterschiede von GPS-Gerät, Tacho und anschließender Trackanalyse verhalten.

Dein Fazit kann ich nur unterstreichen - wenn man die Tracks intensiv analysieren will, sollte man dies am PC tun (ich nehme GPS-Trackanalyse - ein sehr hübsches Tool). Das GPS-Gerät selbst gibt nur einen gewissen ersten Eindruck.
Für die Trackaufzeichnung reicht grundsätzlich ein Datenlogger, genauere Höhendaten setzen aber eine barometrische Höhenmessung voraus. Ich weiß nicht, ob es Logger mit dieser Funktion gibt, damit ausgestattete GPS-Geräte sind einige auf dem Markt.