Beim Bodensee würde ich die Südroute empfehlen. Die Nordroute ist etwa zwischen Friedrichshafen und Überlingen nicht gut zu brauchen, weil dort die Fußgänger sich sehr breit machen, deren Wanderweg halt identisch mit der Veloroute ist. Auf der Schweizer Seite ist es eher getrennt, jedenfalls unproblematisch. Willst Du eher MTB oder eher Rennrad fahren? Die Schweizer Veloroute V2 enthält recht viele Sandabschnitte, die man aber umfahren kann, wenn man das entsprechend vorher plant.