Ein paar vielleicht erste Anmerkungen:
- Rheinroute Richtung Strasbourg: bei Le Wantzenau gibt es wohl einen Unterbruch an der direkten Rheinroute - zumindest war das mal so (ohne Brücke). Man kann also dort nicht durchgehend am Rhein fahren. Der offizielle Rheinradweg führt dort auch durch einen recht idyllischen Wald/Feuchtbiotop abseits des Rheins. Halte dich dort am besten an die offizielle Rheinradroute (bin erst am Montag da teils den Radweg von Strasbourg kommend gefahren (Wantzenau - Drusenheim habe ich aber Straße benutzt).

- Wenn du den Rhein doch irgendwann ermüdend findest: Es lohnt speziell im Herbst die Weinrouten zu fahren. bei Breisach könntest du nach Staufen radeln und die Route durchs Markgräflerland nach Müllheim fahren, gewiss auch die Fortsetzung über Lipburg oder Feldeberg nach Kandern ist reizvoll. Es ist natürlich hügelig, keine großeen Berge, aber durchaus mal einen kleine bissige Steigung dabei. Staufen lohnt auch gut zu besichtigen (Faust-Stadt, burg über der Stadt, altes Fachwerk, gute Konditorei). Ein Abstecher ins Kaiserstuhlgebiet würde zuvor bei Breisach auch reizvoll sein (es gibt dort aber ein paar steile Rampen). Bei Breisach ist der Rimsinger Baggersee recht idyllisch, wenngleich auch meist gut besucht.

- ab Basel würde ich mich abseits der Hauptverkehrsader bewegen. Ohnehin würde ich eher den Weg über Aarau als Olten empfehlen (schönere Stadt wohl). Ab dem schweizerischen Rheinfelden (sehr schön auch, das deutsche Rheinfelden kann man sich sparen) geht eine sehr verkerhsarme Route über Wintersingen nach Rickenbach. Dann weiter über Gelterkinden, Rothenfluh, die Saalhöhe nach Aarau. Sind zwar zwei Passhöhen zu bewältigen, aber eindeutig besser als die Hauenstein-Bundesstraße. Ggf. könntest du auch den Frickenpass ab Bad Säckingen nach Aarau wählen weniger Verkehr als Hauenstein, aber mehr als auf erstgenanntem Vorschlag. Auch wenn es eine Velorouote geben sollte - landschaftlich ist die Variante schöner.

- Weiter von Aarau zum Sempacher See und Luzern bin ich auch schon gefahren - das ist recht gemütlich.

- In Luzern solltest du die Halbinsel südöstlich ausfahren, da steht u.a. auch das Wagner-Häuschen. Sehr schöne Ausblicke dort. Eine echte Stadtbesichtung Luzern kostet sehr viel Zeit.

- In Meiringen gibt es ein Sherlock-Holmes-Museum - in der Gegend wurden Schauergeschichten verortet. Ich hatte dazu mal ein Bilderrätsel gemacht.

- Richtung Mailand würde ich nicht den südliche Lago Maggiore wählen (der nördliche ist der schönere Teil), sondern am Orta-See vorbeifahren (Ostufer, ist einfach). Orta San Giulio ist ein wundrbares Städtchen, wenn nicht gerade übervoll mit Touristen.

- Ist Mailand gesetzt? - Evtl. lohnt die Überlegung, ab Domodossala, durch die Täler Vigezzo/Centovalli nach Locarno, weiter Luganer See (Nordufer), Comer See (Menaggio - Bellagio Fähre), Lecco, Bergamo, Iseo-See (Südufer, Brescia, Gardasee (Südufer, evtl. über Salo) nach Verona zu fahren. Du fährst mit Seen und Bergpanoramen - da ist die von dir avisierte Ebene schon deutlich langweiliger.